Le lagon mahorais couvre une superficie d'environ 1 500 km².
Le complexe récifo- lagonaire de l'île de Mayotte est le plus vaste de la partie occidentale de l'océan indien.
Les coraux sont des animaux marins (polypes) vivant en symbiose avec des algues (zooxanthelles) qui, lorsqu'ils sont dit durs, constituent leur propre squelette calcaire. Les connaissances sur le milieu récifal de Mayotte restent encore incomplètes. En l'état actuel des inventaires, on compte 217 espèces de coraux durs (Scléractiniaires), 57 espèces de coraux mous (Alcyonaires).
Coraux, lagon de Mayotte ©DEAL 976
A Mayotte, les récifs coralliens recouvrent environ 270 km² et se structurent en trois grands types :
les récifs frangeants, les récifs internes et les récifs barrières.
Ecosystèmes marins et côtiers de Mayotte ©IGN Scan25 ; ©DEAL 976
Ils se trouvent sur le pourtour des côtes des deux îles.
Deux grandes structures sont à distinguer : le platier et la pente externe. Ils sont séparés par le " front " qui est la zone de bioconstruction maximale. Ce front se présente sous la forme de colonies coralliennes denses, vivantes et diversifiées.
Le platier peut-être totalement émergé lors de marées basses. Il présente un faciès plus ou moins dégradé qui s'explique en partie par les apports des bassins versants anthropisés et/ou par la mortalité suite aux phénomènes de blanchissement corallien.
Ilot de M'Tsamboro et son récif frangeant ©F.Larrey
Long de 197 km et large de 800 à 1 500 m, dont plus de 40 km de barrières immergées au nord (banc de l'Iris), il est dénommé ainsi car il correspond à la première barrière naturelle à l'intrusion des vagues dans le lagon. Il a un important rôle de dissipation de l'énergie de la houle lors des épisodes cycloniques. En outre, les récifs coralliens, situés au large, amortissent l'énergie des vagues et garantissent des conditions calmes propices au développement des Mangroves.
Les récifs barrières peuvent être compartimentés en trois parties, nettement visibles lorsque le récif est émergé à marée basse : la pente interne, le platier récifal et la pente externe.
La pente interne se caractérise par des accumulations sédimentaires (sable corallien) où les peuplements biologiques sont souvent assez riches et diversifiés.
Le platier récifal se distingue par un platier interne colonisé parfois par des herbiers mixtes et un platier externe formé par des colonies coralliennes.
La pente externe est caractérisée par de nombreuses espèces de coraux qui se développent jusqu'à -20 m. Elle se poursuit par un tombant plus ou moins vertical jusqu'à -50 m.
Récif barrière au niveau de la Passe en "S" ©F.Larrey
Le lagon et les récifs coralliens assurent une protection du littoral en réduisant l'énergie des vagues qui viennent déferler sur les côtes. Ces services rendus par des écosystèmes naturels sont appelés services écosystémiques.
L'envasement du lagon reste l'une des menaces les plus préoccupantes à Mayotte. Cet envasement est le fruit de mauvaises pratiques (urbanisation non contrôlée, monoculture intensive, destruction de la végétation ripisylve...) sur les différents bassins versants, engendrant une forte érosion des sols et donc de gros apports terrigènes dans le lagon. Des études sont en place dans le cadre de LESELAM (Lutte contre l'Érosion des Sols et l'Envasement du LAgon à Mayotte) pour quantifier les processus d'érosion et réaliser des actions afin favoriser de meilleures pratiques (sensibilisation, mise en place de guide...).
Les coraux sont également menacés par les cyclones, les fortes houles, les invasions biologiques , les pollutions des eaux, les piétinements, les destructions mécaniques et le changement climatique...