Les orientations annuelles ou pluriannuelles de l'observatoire du littoral de Mayotte se décident au sein de 2 instances :
Le comité scientifique se réunira annuellement (sauf sollicitation exceptionnelle) et aura en charge de travailler sur les sujets suivants :
Un fois par an les membres de la DEAL rencontreront les collectivités de Mayotte lors d'un séminaire de présentation des travaux de l'observatoire. Ceci ayant pour but deux objectifs :
Après quelques années de fonctionnement, si les travaux portés par l'observatoire sont nombreux, des réunions par comité scientifique thématique, seront peut-être nécessaire afin d'assurer une animation propre à une thématique donnée. Ils auront pour objectifs de :
Les groupes de travail permettront aux différents acteurs: